СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ.
ГЛАВА 1. КВАНТОВО-ХИМИЧЕСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
ГИДРАТАЦИИ И ПЕРЕНОСА ПРОТОНА В КОМПОНЕНТАХ
ДНК (обзор литературы) .
1.1. Введение
1.2. Молекулярно-динамическое приближение для
моделирования реакций в растворах.
1.3. Супермолекулярное приближение
1.4. Континуальные модели сольватации
1.4.1. Семейство PCM сольватационных моделей.
1.4.2. Семейство SCRF сольватационных моделей.
1.4.3. Дисперсионные силы
1.4.4. Кавитационные силы
1.4.5. Семейство SMx сольватационных моделей.
1.5. Расчеты биологически значимых физико-химических свойств
молекул, родственных основаниям ДНК.
1.5.1. Гидратация простейших аналогов оснований ДНК: формамида,
ацетамида, N-метилацетамида и формамидина.
1.5.2. Гидратация гетероциклов
1.5. Сродство к протону и потенциалы ионизации
1.6. Выводы
ГЛАВА 2. МОЛЕКУЛЯРНАЯ СТРУКТУРА ИЗОЛИРОВАННЫХ
И ГИДРАТИРОВАННЫХ КОМПОНЕНТОВ ДНК
2.1. Структура и свойства моно- и дигидратированных
комплексов гуанина
2.2. Структура и свойства полигидратированных комплексов гуанина.
2.3. Структура и свойства полигидратированных комплексов аденина
2.4. Структура и свойства полигидратированных комплексов
урацила,тимина цитозина.
2.4.1. Полигидратированный цитозин.
2.4.2. Полигидратированные тимин и урацил .
2.5. Структура первой гидратной оболочки оснований ДНК
2.6. Структурная нежесткость изолированных оснований ДНК.
2.6.1. Результаты статических неэмпирических расчетов.
2.6.2. Результаты неэмпирического молекулярно-
динамического приближения
2.7. Конформационный анализ канонических
?дезоксирибонуклеотидов
2.7.1. Молекулярная структура пиримидиновых
?-дезоксирибонуклеотидов.
2.7.2. Молекулярная структура пуриновых
?-дезоксирибонуклеотидов.
2.8. Структурная нежесткость пар оснований ДНК.
2.9. Выводы.
ГЛАВА 3. НЕЭМПИРИЧЕСКОЕ КВАНТОВО-
ХИМИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ ФИЗИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК
ИЗОЛИРОВАННЫХ И ГИДРАТИРОВАННЫХ ОСНОВАНИЙ ДНК.
3.1. Потенциалы ионизации изолированных и гидратированных
оснований ДНК
3.2. Влияние микрогидратации на величины ионизационных
потенциалов оснований ДНК
3.3. Сродство к протону оснований ДНК
3.4. Инфракрасные спектры моно- и дигидратированных
комплексов гуанина
3.5. Идентификация геометрической структуры таутомеров
гуанина в экспериментах, выполненных методом резонансной
двухфотонной ионизационной спектроскопии в ближненй
УФ-области спектра.
3.6. Идентификация геометрической структуры моногидратов
таутомеров N-метил-гуанина в экспериментах выполненных
методом резонансной двухфотонной ионизационной
спектроскопии в ближненй УФ-области спектра.
3.7. Выводы .
ГЛАВА 4. КВАНТОВО-ХИМИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ
ТЕРМОДИНАМИКИ И КИНЕТИКИ ВНУТРИМОЛЕКУЛЯРНОГО
ПЕРЕНОСА ПРОТОНА В ОСНОВАНИЯХ ДНК.
4.1. Внутримолекулярный перенос протона в моно- и
дигидратированных таутомерах гуанина
4.2. Внутримолекулярный перенос протона в
моногидратированных таутомерах цитозина.
4.3. Внутримолекулярный перенос протона в
моногидратированных таутомерах тиоцитозина.
4.4. Расчет константы скорости переноса протона в изолированном
и моногидратированном гуанине в приближении INSTANTON
4.5. Кинетика внутримолекулярного переноса протона в
изолированном гуанине
4.6. Термодинамика внутримолекулярного переноса протона
в '-дезоксирибонуклеотидах: роль величины заряда фосфатной группы
4.7. Квантово-динамическое исследование вклада
прототропного таутомеризма гуанина и цитозина в спонтанные
точечные мутации Escherichia coli
4.8. Kвантово-химическое исследование прототропного
таутомеризма аналога оснований ДНК - N-метил-Р.
4.9. Выводы
ГЛАВА 5. КВАНТОВО-ХИМИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ
ТЕРМОДИНАМИКИ И КИНЕТИКИ ДВОЙНОГО ПЕРЕНОСА
ПРОТОНА В ПАРАХ ОСНОВАНИЙ ДНК.
5.1. Двойной перенос протона в формамидин-формамидном комплексе (модель аденин-тиминовой пары).
5.2. Двойной перенос протона в паре оснований ДНК аденин-тимин
и гуанин-цитозин
5.3. Факторы, стабилизирующие и дестабилизирующие двойной
перенос протона в основаниях ДНК
5.4. Выводы.
ОБЩИЕ ВЫВОДЫ
СПИСОК
- Київ+380960830922