Изучение фрактальных свойств поверхности белков

СОДЕРЖАНИЕ
Введение.
Глава 1. Молекулярная поверхность.
1.1. Понятие молекулярной поверхности.
1.1.1. Доступная поверхность.
1.1.2. Молекулярная поверхность и исключенный объем
1.2. Способы построения молекулярной поверхности по кристаллографическим данным высокого разрешения
1.2.1. Численные методы
1.2.2. Аналитические методы
1.3. Способы оценки площади молекулярной поверхности и оценки исключенного объема
Глава 2. Фракталы и фрактальные свойства поверхности белков
2.1. Основные сведения из теории фракталов
2.1.1. Определение фрактала
2.1.2. Размерность ХаусдорфаБезиковича
2.1.3. Размерность подобия.
2.1.4. Самоафинность. Локальная и глобальная фрактальные размерности
2.1.5. Размерность поверхностных неоднородностей.
2.2. Основные способы оценки фрактальной размерности
2.2.1. Клеточная размерность.
2.2.2. Соотношение массарадиус
2.2.3. Корреляционная функция
2.2.4. Обратное пространство.
2.3. Фрактальная поверхность
2.3.1. Способы задания фрактальной поверхности.
2.3.1.1. Ряд Фурье.
2.3.1.2. Поверхность случайного переноса.
2.3.1.3. Броуновская поверхность.
2.3.2. Способы определения размерности фрактальной поверхности
2.3.2.1. Пиксельное объединение
2.3.2.2. Обкатывание шаром.
2.3.2.3. Соотношение площадьобъем.
2.3.2.4. Метод сечений.
2.3.2.5. Малоугловое рассеяние.
2.4. Результаты исследований фрактальных свойств поверхности белков по
литературным данным.
2.4.1.Методы оценки фрактальной размерности белковой поверхности.
2.4.1.1. Анализ фрактальной структуры контуров сечений белковой поверхности.
2.4.1.2. Анализ зависимости площади поверхности от размера
пробного тела.
2.4.1.3. Анализ зависимости площади поверхности от объема
2.4.1.4. Анализ интенсивности малоуглового рассеяния.
2.4.2. Связь фрактальной размерности белковой поверхности со
свойствами белков
2.4.3. Исследования объемных фрактальных свойств белков.
Глава 3. Изучение фрактатьных свойств поверхности некоторых
белковых семейств с использованием кристаллографических данных высокого разрешения
3.1. Объекты исследования
3.1.1. Глобулярные белки
3.1.2. ДНКсвязывающис белки
3.1.3. Однодоменные тРНКсвязывающие белки
3.1.4. Двудомеиные тРНКсвязывающие белки.
3.1.5. Домены двудоменных гРНКсвязывающих белков.
3.2. Построение поверхности белков при различном пространственном разрешении
3.2.1. Низкое разрешение
3.2.1.1 Аппроксимация эллипсоидами инерции.
3.2.1.2 Метод сферических гармоник.
3.2.2. Промежуточное разрешение. Аппроксимация по Саатомам.
3.2.3. Высокое разрешение.
3.3. Анализ фрактальных свойств поверхности белковых семейств при различном пространственном разрешении.
3.3.1. Результаты.
3.3.2. Обсуждение.
3.3.3. Природа двухуровневой организации белковой поверхности.
Глава 4. Исследование фрактальной структуры поверхности белков
методом малоугловою рассеяния нейтронов
4.1. Малоугловое рассеяние. Вариация контраста
4.2. Методы изоморфного замещения.
4.2.1. Метод триангуляции
4.2.2. Метол тройного изотопического замещения.
4.3. Исследование поверхности белка фактор элонгации Ти с
использованием тройного изотопического замещения.
4.3.1. Приготовление образца.
4.3.2. Описание установок
4.3.2.1. Установка ЮМО
4.3.2.2. Установка 1
4.3.3. Определение степени дейтсрирования белка и выбор буфера.
4.3.4. Модельные расчеты
4.3.5. Результаты и обсуждение.
4.4. Анализ возможностей мегода тройного изотопического замещения на
основе моделирования кривых рассеяния
Заключение.
Литература